有機肥堆肥過程中，除了正確的使用有機肥生產設備之外，通風也影響了好氧發酵微生物生長活動，堆肥溫度的上升，病原菌的殺滅以及有機質的分解 ，會影響有機肥產品質量。所以，通風也是比較關鍵的一步。

有機物料發酵過程中，氧氣供應充足可以加速有機質分解，縮短發酵時間，加速發酵初期溫度的上升速率，減少惡臭氣體的產生。

有機物的好氧發酵是個十分復雜的生化反應過程，不同階段通風的作用不同，發酵初期通風主要是提供氧氣，中期主要是供氧和散熱，后期主要是降低有機肥含水率。

因此，通風供氧不足，控制微生物生長和溫度上升；但通風量過大，會導致熱量損失過多，導致溫度上升困難和水分不足。一般情況下，通風方式要求氧氣濃度在百分之5-百分之15作為堆肥過程控制目標。

通風方式主要有單一機械翻堆，強制通風與機械翻堆相結合和單一強制通風。研究表明，強制通風和機械翻堆機結合的方式是適合的通風方式，它可以加快堆肥溫度上升，促進微生物的分解轉化，從而加快堆肥的腐熟。

因此，生產有機肥時，可以在堆肥條剁開設寬度為20cm，深度為10cm的通風槽，通風量為0.3m3/min，并且按期使用翻拋機進行翻堆。